João Ferrão é doutorado em Geografia Humana, pela Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa. É especialista em geografia económica e social, ordenamento do território e desenvolvimento regional e urbano.
É investigador coordenador do Instituto de Ciências Sociais da Universidade de Lisboa, onde coordenou o Grupo de Investigação “Ambiente, Território e Sociedade” e o Conselho dos Observatórios do ICS-UL. Foi também docente no departamento de Geografia da Faculdade de Letras de Lisboa (1976-1995) e na Universidade Atlântica (1996-2000).
Foi Secretário de Estado do Ordenamento do Território e das Cidades, entre 2005 e 2009, e coordenador nacional de diversos projetos e redes de investigação internacionais, nomeadamente no âmbito do Quadro da Comissão Europeia e da European Science Foundation. Foi ainda consultor da OCDE (Programa de Desenvolvimento Rural, 1993) e coordenou diversos estudos de avaliação de políticas públicas para o Governo português e para a Comissão Europeia, incluindo a avaliação ex-ante dos Quadros Comunitários de Apoio II e III (Portugal).
Foi Presidente da APDR – Associação Portuguesa para o Desenvolvimento Regional. Representa o CRUP no Conselho Nacional do Ambiente e do Desenvolvimento Sustentável e é pró-reitor da Universidade de Lisboa.